Na začiatku päťdesiatych a šesťdesiatych rokov základný výskum v oblasti meteorológie a klimatológie sa formoval v Oddelení klimatológie Zemepisného ústavu SAV a neskôr v Laboratóriu pre meteorológiu a klimatológiu SAV, súčasťou ktorého sa stáva i Meteorologické observatórium na Skalnatom Plese. Organizačne boli zriadené dve oddelenia:
Oddelenie aktinometrie a energetickej bilancie atmosféry
Oddelenie horskej meteorológie a klimatológie.
Externým vedením LMK SAV bol poverený prof. Konček. Od 1. januára 1966 bolo LMK SAV premenované na Ústav meteorológie a klimatológie SAV s externým riaditeľom prof. Končekom do roku 1969 a od tohoto roku až do r. 1975 bol za interného riaditeľa menovaný doc. Smolen.
Vzhľadom na experimentálne zameranie ústavu, Ústav meteorológie a klimatológie SAV vybudoval v roku 1965 trvalé observatórium v Mlyňanoch a v roku 1968 účelovo zamerané observatórium v Bábe, ktorého činnosť bola ukončená v roku 1988. Od augusta 1987 bolo uvedené do prevádzky Meteorologické observatórium v Starej Lesnej, ktoré v súčinnosti s observatóriom na Skalnatom Plese vytvára vhodné podmienky pre štúdium hraničnej vrstvy atmosféry medzi hladinami 810 až 1778 metrov nad morom. I napriek tomu, že činnosť Ústavu meteorológie a klimatológie SAV bola hodnotená nadriadenými orgánmi ako úspešná, dochádza rozhodnutím Predsedníctva SAV k jeho zrušeniu dňom 31. decembra 1974 a jeho začleneniu do Geofyzikálneho ústavu SAV. Tým sa ÚMK SAV od roku 1975 zaraďuje do Geofyzikálneho ústavu SAV ako Odbor fyziky atmosféry.