Oddelenie fyziky atmosféry Geofyzikálneho odboru Ústavu vied o Zemi SAV vzniklo v roku 2002 zlúčením oddelenia žiarenia a klímy s oddelením hraničnej vrstvy atmosféry GFÚ SAV. Vzhľadom na to, oddelenie fyziky atmosféry prevzalo do svojho výskumného zamerania väčšinu výskumných aktivít z oblasti fyziky atmosféry, ktoré dovtedy vykonávali pracovníci bývalého Odboru fyziky atmosféry GFÚ SAV.

Oddelenie fyziky atmosféry v súčasnosti tvoria dvaja vedecko-výskumní pracovníci a štyria technici. Ich hlavnou náplňou je experimentálny a teoretický výskum v oblasti fyziky hraničnej vrstvy atmosféry so zvláštnym dôrazom na procesy, odohrávajúce sa na rozhraní medzi zemským povrchom a atmosférou.